دریاچه ­ها اکوسیستم­های آبی پویا و پایداری هستند که به لحاظ اکولوژیک و اقتصادی بسیار با اهمیت می­باشند. فرایندهای طبیعی و فعالیت­های انسانی بر ویژگی­ های فیزیکی، شیمیایی و بیولوژیکی محیط­های آبی اثر گذاشته و مشکلاتی را در کیفیت آب آن­ها ایجاد می­کند. بطور کلی بیشتر مطالعات روی کیفیت آب­ها معمولاً با استفاده از روش­های فیزیکی، شیمیایی انجام شده است. این روش­ها کیفیت آب را در زمان نمونه­برداری نشان می­دهد و نمی­تواند کیفیت آب را در طی گذشت زمان پیش­بینی کند، در حالی که ارزیابی زیستی روش سودمندی برای حفاظت و تنوع زیستی اکوسیستم­های آبی است. در این مطالعه، فیتوپلانکتون، زئوپلانکتون و کفزیان به عنوان موجودات شاخص زیستی برای ارزیابی کیفیت آب دریاچه سد زاینده­رود استفاده شد. نمونه­برداری­ها از 4 ایستگاه متفاوت و در طی  بهار، تابستان، پاییز و زمستان سال 1392 (با تناوب 45 روز) انجام شد. جهت اندازه­گیری کیفیت آب و جامعه فیتوپلانکتونی یک لیتر نمونه آب بوسیله بطری نمونه­برداری نانسن از اعماق 5/0، 5 متری و نزدیک بستر از هر ایستگاه جمع­آوری شد. جامعه زئوپلانکتون، بوسیله تور پلانکتون­گیری با چشمه 50 میکرون با تورکشی عمودی نمونه­برداری گردید. نمونه­های کفزیان در هر ایستگاه با استفاده از نمونه بردار اکمن (20 سانتی­متر˟20 سانتی­متر) جمع­آوری شد. نتایج نشان داد که دامنه دما، pH ، هدایت الکتریکی، اکسیژن محلول ، نیترات، نیتریت و فسفات به ترتیب 5/21-7 درجه سانتی­گراد، 33/8-95/7، 8/358-6/221 میکروموس بر سانتی­متر، 15-35/5، 87/1-79/0، 54/0-006/0، 16/0-009/0 میلی­گرم در لیتر است. جامعه فیتوپلانکتونی شامل Bacillariophyceae، Chlorophyceae، Cyanophyceae، Euglenophyceae، Dinophyceae و Chrysophyceae  بود که بترتیب در دامنه تراکم 157222-7211، 56770-5962، 10437-0، 8291-0، 14583-0و 11333-0 سلول در لیتر قرار داشت. جامعه زئوپلانکتونی شامل آنتن­منشعب­ها، روتیفرها و پاروپایان بود که بترتیب در محدوده تراکمی 155-13، 141-21 و 93-11 فرد در متر مکعب برآورد شد. جامعه کفزیان شامل خانواده Chironomideae، Naididea و Tubificidea با تراکم 312-18، 64-10 و 1553-314 فرد در متر مربع بود. شاخص­های تنوع زیستی شانون-وینر، سیمپسون و مارگالف برای ناحیه سطحی به­ترتیب در محدوده 86/1-42/1، 78/0-61/0 و 35/1-65/0، برای ناحیه میانی بترتیب در محدوده 93/1-47/1، 77/0-64/0 و 24/1-92/0 و برای ناحیه عمقی بترتیب در محدوده 84/1-55/1، 78/0-65/0 و 23/1-72/0 بدست آمد. بطور کلی براساس یافته­های این تحقیق در خصوص کیفیت آب و جامعه پلانکتونی و بخصوص حضور جنس­هایی مانند Cyclotella و Dynobrion  ( شاخص دریاچه الیگوتروف) و همچنین عدم حضور Microcystis بعنوان شاخص مهم دریاچه­های یوتروف می­توان نتیجه­گیری نمود که آب دریاچه سد زاینده­رود در طبقه آب­های سالم قرار دارد.