تالاب­ها با عنوان «کلیه­ی زمین» شناخته شده­اند و دارای وظایف مختلف اکولوژیکی، محیطی و تولیدی در جنبه­های کنترل سیلاب­ها، تنظیم وضعیت آب و هوا، کنترل آلودگی­ها، کاهش فرسایش خاک، چشم­انداز و حفظ تنوع ژنتیکی و تولید هستند. يوتريفيکاسيون به معناي افزايش توليد اوليه در اکوسيستم­هاي آبي به دليل افزايش بيش از حد مواد مغذي است. وقوع يوتريفيکاسيون سبب کاهش کيفيت آب و وقوع مکرر شکوفايي جلبکي مي­شود. از سوي ديگر وقوع يوتريفيکاسيون تاثير تعيين کننده­اي بر تنوع زيستي دارد. با توسعه کشاورزي و افزايش استفاده از کود­هاي شيميايي و همچنین با افزايش ورود فاضلاب­ها به اکوسيستم­هاي آبي، بررسي وضعيت تروفي و احتمال وقوع يوتريفيکاسيون در اکوسيستم­هاي آبي کشور ضروري به نظر مي­رسد. تالاب چغاخور به دليل قرار گرفتن در منطقه مرکزي ايران و دارا بودن تنوع زيستي گياهي و جانوري بالا از اهميت زيادي برخوردار است. هدف از اين مطالعه بررسي وضعيت تروفي و همين­طور روند تغييرات آن در طي فصول مختلف سال در تالاب چغاخور بود. نمونه برداري از ارديبهشت تا اسفند 1389 در 8 مرحله به فاصله زماني هر 45 روز يکبار در 4 فصل انجام شد. به منظور بررسي وضعيت تروفي در تالاب چغاخور پارامترهاي فيزيکوشيميايي (دما، اکسيژن محلول، pH، قليائيت، عمق، عمق روئيت سشي ديسک و ميزان مواد مغذي) و همچنین پارامترهای بيولوژيکي آب (ميزان کلروفيل a و درصد پوشش گياهي) اندازه گيري شد. از سوي ديگر شناسايي وتعيين تراکم فيتوپلانکتون­ها به منظور بررسي تاثير تغييرات تروفي بر ترکيب، تنوع و تراکم فيتوپلانکتون­ها در طي فصول مختلف انجام شد. نتايج نشان داد که تفاوت معني داري بين پارامترهاي کيفي آب در ايستگاه­هاي مختلف وجود ندارد(p>0.05) . با توجه به ميزان شاخص Redfield و ضريب همبستگي مثبت بالا بين فسفر کل و ميزان کلروفيل a، فسفر به عنوان عامل محدود کننده­ي توليد در اين اکوسيستم مي­باشد. با توجه به عمق کم، اين تالاب در دسته اکوسيستم­هاي آبي کم عمق قرار مي­گيرد. از سوي ديگر با توجه به ميزان همبستگي بين پارامترهاي کيفي آب با ميزان کلروفيل a، پارامترهاي عمق آب، دما، درصد پوشش گياهي و وقوع لايه بندي حرارتي به عنوان مهم­ترين پارامترهاي تاثير گذار بر ميزان تغييرات تروفي در این تالاب تعیین شدند. براي تعيين وضعيت تروفي از طبقه بندي ارائه شده توسط OECD براي درياچه­ها در سال 1992 و شاخص­هاي TSI و TRIX استفاده شد. بر مبناي شاخص TSI و طبقه بندي OECD، تالاب چغاخور در کل سال در وضعيت يوتروف قرار داشت. نتايج نشان داد که شاخص TRIX، شاخص مناسبي براي بررسي وضعيت تروفي در اين تالاب نمي­باشد. شناسايي و تعيين تراکم جمعيت­هاي فيتوپلانکتوني نشان داد که در تالاب چغاخور  شاخه­ي جلبک­هاي سبز (Chlorophta) در تمام طول سال از نظر تراکم غالب بود ولي از نظر تنوع شاخه­ي دياتومه­ها (Bacillariophyta) در تمام طول سال شاخه غالب بود. از سوي ديگر تغييرات شاخص  مارگالف در طي فصول مختلف نشان داد که تنوع جمعيت­هاي فيتوپلانکتوني در تالاب چغاخور شاخص مناسبي از تغييرات وضعيت تروفي نمي­باشد.