مطالعات زیستی و بوم شناسی از اساسی‌ترین مباحث در تحقیقات و بررسی‌های علمی مربوط به مدیریت و حفاظت از منابع آبی محسوب می‌شود. ویژگی­های فیزیکی و شیمیایی آب و ساختار جوامع موجودات زنده از مهمترین اجزا اکوسیستم­های آبی هستند. مطالعه همزمان آنها و ارزیابی اکوسیستم با توجه به نتایج حاصل از هر دو این مطالعات درک صحیح­تر و جامع تری را از روند تغییرات ایجادشده به ما نشان خواهد داد. رودخانه بشار بزرگترین رودخانه استان کهگیلویه و بویر احمد می­باشد. مساحت حوضه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ی آبخیز این رودخانه حدود300 کيلومترمربع بوده و پس از دريافت شاخه­های فرعی متعدد از استان خارج می­گردد. در این تحقیق تلاش شد تا با استفاده از شاخص‌های کیفی و زیستی ارزیابی دقیق و کاملی از این منبع آبی مهم کشور انجام گیرد. برای این منظور تعداد شش ایستگاه در طول بستر رودخانه انتخاب و طی دو فصل (زمستان 1397 و بهار 1398) در دو مرحله با فاصله زمانی سه ماه یکبار اقدام به نمونه برداری از آب و بزرگ­بی­مهرگان کفزی گردید. نمونه­های آب با استفاده از ظروف یک لیتری و از قسمت سطحی آب برداشت شد و در شرایط استاندارد به آزمایشگاه منتقل گردید. برای نمونه ‌برداری از جوامع درشت بی‌مهرگان کفزی، از نمونه‌ بردار دی نت استفاده شد. در آزمایشگاه ویژگی­های فیزیکی و شیمیایی (شامل اکسیژن محلول، pH، نیترات، فسفات، کولیفرم مدفوعی، اکسیژن مورد نیاز شیمیایی، کدورت، مجموع ذرات جامد معلق، کل ذرات جامد محلول) اندازه­گیری شد. پس از شناسایی جوامع بی­مهرگان بزرگ کفزی با استفاده از کلیدهای شناسایی شاخص­های تنوع جوامع کفزی (شاخص تنوع شانون-وینر، سیمپسون، مارگالف، پیلو و غنای آرایه­ها) و شاخص­های زیستی (شامل BMWP، ASPT) محاسبه شد. نتایج حاصل در مجموع نشان دهنده وجود تفاوت آماری معنی­دار در بیشتر ویژگی های فیزیکی و شیمیایی آب (دمای آب، اکسیژن محلول، نیترات، فسفات، کدورت و BOD) و همچنین کلیفرم مدفوعی در بین ایستگاه­ها و فصول نمونه برداری بود (P <0.05). تغییرات شاخص­های کیفیت آب NSFWQI و IRWQI_SC در بین ایستگاه‌های مختلف اختلاف معنی‌دار (p< 0.05) نشان داد ولی در بین دو فصل نمونه­برداری تفاوت معنی‌داری مشاهده نشد. تغییرات شاخص زیستی ASPT در دو فصل زمستان و بهار نشان دهنده وجود تفاوت معنی دار (p<0.01)  در بین ایستگاه‌های نمونه برداری بود ولی در بین دو فصل اختلاف معنی‌داری مشاهده نشد. تغییرات شاخص تنوع شانون_ وینر، سیمپسون، مارگالف و همچنین شاخص یکنواختی پیلو در ایستگاه‌های مورد مطالعه در دو فصل زمستان و بهار دارای تفاوت معنی‌دار بود (p<0.05)، ولی در بین دو فصل اختلاف معنی‌داری مشاهده نشد(p>0.05). براساس یافته های حاصل از این تحقیق میتوان چنین استنباط کرد که کیفیت آب رودخانه بشار در ایستگاه­های مختلف نمونه­برداری متفاوت بوده و ایستگاه دارشاهی کمترین میزان کیفیت آب و ایستگاه آب ملخ بهترین کیفیت آب را داراست. تغییرات مشاهده شده در ویژگی­های مورد بررسی در بین ایستگاه های نمونه برداری بیشتر تحت تاثیر فعالیتهای انسانی و تغییرات شرایط بوم شناسی رودخانه قرار دارد اما در بین فصول نمونه­برداری اکثر ویژگی­های فیزیکی و شیمیایی و شاخص­های کیفی و زیستی آب تغییر قابل ملاحظه­ای در رودخانه بشار نداشت.