فيتوپلانکتون­ها يک گروه متنوع از ارگانيسم­ها هستند که به وسيله اندازه کوچک و شناور بودنشان شناخته مي­شوند. فيتوپلانکتون­ها اولين گروهي هستند که به تغييرات کيفيت آب واکنش نشان مي دهند و به همين دليل مي توان از آن­ها  به عنوان شاخص­هاي مفيد استفاده کرد.  هدف اين تحقيق دستيابي به اطلاعات ارزشمند اکولوژيکي در مورد فراوني و تنوع فيتوپلانکتون­ها در برخي از منابع آبي استان يزد در طي چهار فصل مي­باشد. براي اين منظور نمونه برداري طي يک سال از تابستان 1390 تا بهار 1391 از محل­هاي مختلف اکولوژيکي با جمع آوري آب انجام شد. خصوصيات فيزيکوشيميايي آب نظير دما، pH، هدايت الکتريکي و ميزان اکسيژن محلول در همان محل اندازه گيري شد. نمونه­ها با استفاده از فرمالين 4% تثبيت و سپس شناسايي، شمارش  و ترکيب آن­ها در آزمايشگاه انجام شد. نتايج نشان داد که در مجموع 6 رده و 79 جنس از فيتوپلانکتون­ها در منابع آبي مورد بررسي وجود دارد. ترکيب فيتوپلانکتون ها به ترتيب شامل 28 ، 25، 11، 8، 5 و 2 جنس از رده هاي Chlorophyceae، Bacilariophyceae، Cyanophyceae، Conjugatophyceae، Dinophyceae و Euglenaophyceae بود. فيتوپلانکتونهاي غالب از جنس­هاي شامل Cosmarium، Cyclotella،Polycystis  در بهار، Rhizosolenia، Clamydomonas، Anacystis  در تابستان،  Rhizosolenia، Nitzschia ، Pleurococcus  در پاييز  و Cyclotella، Cymbella، Gyrosigma  در زمستان بود. بيشترين ميانگين تراکم فيتوپلانکتوني متعلق به رده Bacilariophyceae (10712 سلول در ميلي ليتر) و کمترين آن به رده Euglenaophyceae  (15 سلول در ميلي ليتر) بود.  حجم زيستي فيتوپلانکتون ها بر اساس شکل و اندازه محاسبه شده بدست آمد . بيشترين حجم زيستي در پاييز (3/168ميکرومترمکعب بر ميلي­ليتر) و کمترين آن در زمستان (11/0 ميکرومترمکعب بر ميلي­ليتر) تخمين زده شد. بيشترين تنوع فيتوپلانکتوني در تابستان (6 رده و 32 جنس) و کمترين تنوع در زمستان (4 رده و 11 جنس) بود. بررسي شاخص­هاي تنوع در ميان ايستگاه­هاي نمونه برداري و ارتباط آن با تراکم فيتوپلانکتون­ها و فاکتورهاي فيزيکوشيميايي نشان داد که استخر ذخيره آب قطرم در فصل تابستان از نظر شاخص تنوع شانون-وينر(65/2)، تنوع سيمپسون (06/0) و شاخص غناي مارگالف(7/5) بالاترين ميزان را داشت. نتايج بر اساس کيفيت آب و ترکيب و فراواني فيتوپلانکتون­ها نشان داد که محل­هاي نمونه برداري  با منشاء قنات، چاه و چشمه درکلاسه کيفي آب­هاي اليگو ساپروب قرار گرفتند. همچنين فيتوپلانکتون­هاي جمع آوري شده از آب با منشاء استخر­هاي ذخيره آب، درياچه مصنوعي (و استخر خاکي پرورش ماهي) به ترتيب در کلاسه آب­هاي آلفا مزوساپروب و بتامزوساپروب طبقه بندي شد. مهمترين فاکتورهاي کيفي آب که در تغيير ساختار جمعيت فيتوپلانکتون­ها نقش داشتند، دما و EC بود. بطور کلي، يافته­هاي اين تحقيق مبين اين است که منابع آبي استان يزد داراي تنوع بالايي از فيتوپلانکتون­هاي مهم مي­باشند که مي­توانند به عنوان  شاخص کيفيت آب و همچنين توليد غذاي زنده در صنعت آبزي پروري با کشت متراکم، مورد استفاده قرار گيرند.